El Instituto tiene presencia en toda España a través de trece Agrupaciones Territoriales y dos Colegios.

Las Agrupaciones Territoriales y Colegios tienen como órgano de gobierno un Consejo Directivo, elegido mediante elecciones por sus respectivas Asambleas Generales, conformadas por los miembros adscritos a dichas circunscripciones territoriales, y cuya composición y tamaño varía de entre seis y quince miembros, y que actúan de acuerdo con el marco establecido por el Pleno del Consejo Directivo.

Los Colegios y Agrupaciones Territoriales y sus presidentes son:

 

Agrupación de Madrid: Ana María Prieto González
Col·legi de Censors Jurats de Comptes de Catalunya: Joan Vall Gil

 AT del País Vasco: Mercedes Pascual Maestre 
AT 4ª Galicia: Enrique M. González González
Colegio Oficial de Censores Jurados de Cuentas de la Comunidad Valenciana: Lola Mor Cebrián
AT 6ª Valladolid: Rodrigo Cabrejas Sanz
AT 7ª (Sevilla): Luis Fernández Prieto
AT 8ª de Aragón: Lidia Sierra Rodríguez

 AT 9ª (Oviedo): Arturo Díaz Dapena

AT 11ª (Málaga): Salvador Cordero Vallejo
AT 12ª (Las Palmas): Javier Álvarez Cabrera

 AT 13ª Islas Baleares:  Julio Capilla Vidal
AT 14ª (Santa Cruz de Tenerife): José Manuel Rodríguez Luis
AT 16ª de Navarra: Isabel Ezponda Usoz
AT de la Región de Murcia: Francisco José Miró Gonzálvez